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Structure-function relationships in membrane protein families.

Struktur-Funktions-Beziehungen in Membranproteinfamilien.

München, Technische Universität, Fakultät Wissenschaftszentrum Weihenstephan, Diss., 2012, 178 S.
Full text
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Membrane proteins are involved in many essential cellular functions and are of great pharmaceutical interest. However, only few structures are currently available and thus the relationships between structure and function giving valuable insights into protein evolution are only poorly understood. In order to explore their structure-function relationships, it is necessary to have a comprehensive classification system specifically tailored to membrane proteins. In this thesis, existing structure classification methods are first evaluated to figure out how they deal with membrane proteins. Then, a hierarchical large-scale classification approach is presented covering both structural and functional aspects. It is shown that the developed approach is in reasonable agreement with existing classification methods and that the quality of this method improves by gradually considering additional structurally relevant information.
Membranproteine besitzen wesentliche zelluläre Funktionen und sind für die Pharmaindustrie von großer Bedeutung. Allerdings gibt es nur sehr wenige Strukturen, weshalb die Beziehungen zwischen Struktur und Funktion, die wertvolle Erkenntnisse über die Evolution der Proteine liefern, nur sehr wenig erforscht sind. Um ihre Struktur-Funktions-Beziehungen untersuchen zu können, benötigt man ein umfangreiches Klassifikationssystem, das speziell auf Membranproteine angepasst ist. In dieser Dissertation werden zunächst vorhandene Strukturklassifikationsmethoden evaluiert, um herauszufinden, ob sie für Membranproteine geeignet sind. Anschließend wird ein hierarchischer und umfangreicher Klassifikationsansatz vorgestellt, der sowohl strukturelle als auch funktionelle Aspekte abdeckt. Es wird gezeigt, dass der entwickelte Ansatz mit anderen Methoden zur Klassifikation gut übereinstimmt und dass die Qualität dieser Methode verbessert werden kann, indem man nach und nach weitere für die Struktur wichtige Informationen berücksichtigt.
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Publication type Other: Thesis
Thesis type Doctoral thesis
Keywords membrane proteins; structure classification; structure-function relationships
University Technische Universität
University place München
Faculty Fakultät Wissenschaftszentrum Weihenstephan
Reviewing status