PuSH - Publication Server of Helmholtz Zentrum München

Abbildung von Transkript- und Proteinsequenzen auf genomische Referenzdaten.

Mapping of transcript- and protein sequences on genomic reference data.

München, Technische Universität, Fakultät Wissenschaftszentrum Weihenstephan, Diss., 2009, 115 S.
Full text
as soon as is submitted to ZB.
Neue Entwicklungen in der biotechnologischen Apparatetechnik ermöglichen die umfassende Analyse von Organismen in den Bereichen der Genomik, Transkriptomik und Proteomik. Um die heterogenen Datentypen in ihrem genomischen Kontext graphisch darzustellen, wurden in dieser Arbeit generische Lösungen für die Abbildung von Transkript- und Proteinsequenzen auf genomische Referenzdatensätze entwickelt. Ergänzend wurde eine Applikation zur automatischen Funktionsannotation von EST-Datensätzen geschaffen, die statistische Analysen zur Über- bzw. Unterrepräsentation funktioneller Module durchführt. Um die Datenintegration für systembiologische Analysen zu unterstützen, wurde ein Werkzeug entwickelt, das die automatische Cross-Referenzierung von Einträgen aus verschiedenen Datenbanken erlaubt. Dazu wurden Listen mehrdeutiger biologischer Terme erstellt, die das Text Mining in den biomedizinischen Wissenschaften verbessern werden.
Recent developments in bioanalytical techniques allow for comprehensive analyses of organisms with respect to genomics, transcriptomics and proteomics. To visualize the heterogeneous data types in their genomic context, generic methods for mapping transcript and protein sequences to genomic reference data sets have been developed. Additionally, an application for automated functional annotation of sets of ESTs, that statistically analyses the enrichment and depletion of functional modules has been established. To provide data integration for systems biology approaches, a tool for automated cross-referencing of entries from different databases has been designed. For that purpose lists of ambiguous biological terms were created, that will allow for enhanced text mining in biomedical science.
Additional Metrics?
Edit extra informations Login
Publication type Other: Thesis
Thesis type Doctoral thesis
Keywords genomics; transcriptomics; cross-referencing
University Technische Universität
University place München
Faculty Fakultät Wissenschaftszentrum Weihenstephan
Reviewing status