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Prediction and analysis of microRNAs and their targets in eukaryotic genomes.

Vorhersage und Analyse von microRNAs und deren Bindestellen in eukaryotischen Genomen.

München, Technische Universität, Fakultät Wissenschaftszentrum Weihenstephan, Diss., 2010, 119 S.
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MicroRNAs are ~22 nucleotide long RNA molecules. They play a critical role in eukaryotic gene regulation by binding to the mRNA of protein coding genes mediating posttranscriptional repression. In this work experimentally verified microRNAs and their binding sites were analyzed and thereon the machine learning based prediction tools MiRanalyzer (http://web.bioinformatics.cicbiogune.es/microRNA/) and TargetSpy (http://www.targetspy.org) were developed. The former enables the detection of known and the prediction of novel microRNAs within deep-sequencing data. With TargetSpy a prediction model for microRNAs was developed that neither requires a seed match nor evolutionary conservation. Extensive analyzes in divers organisms highlight the high prediction performance of the developed models.
MicroRNAs sind endogene ~22 Nukleotid lange RNA Moleküle. Sie spielen eine wichtige Rolle in der eukaryotischen Genregulation, indem sie durch Anlagerung an die mRNA proteinkodierender Gene posttranskriptionelle Repression bewirken. In dieser Arbeit wurden experimentell verifizierte microRNAs und deren Bindestellen analysiert und in Folge basierend auf Machine Learning die Vorhersageprogramme MiRanalyzer (http://web.bioinformatics.cicbiogune.es/microRNA/) und TargetSpy (http://www.targetspy.org) entwickelt. Ersteres ermöglicht die Detektion bekannter und die Vorhersage neuer microRNAs aus Tiefensequenzierungsdaten. Mit TargetSpy wurde ein Vorhersagemodell für microRNA Bindestellen entwickelt, das weder einen Seed-Match, noch evolutionäre Konservierung voraussetzt. Umfangreiche Evaluierungen in verschiedenen Organismen unterstreichen die hohe Vorhersagegenauigkeit der entwickelten Modelle.
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Publication type Other: Thesis
Thesis type Doctoral thesis
Keywords microRNA; Machine Learning; target sites; prediction
University Technische Universität
University place München
Faculty Fakultät Wissenschaftszentrum Weihenstephan
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