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Study of seed-based microRNA targeting in mammals.

Seed-basierte microRNA Targeterkennung in Säugern.

München, Technische Universität, Fakultät Wissenschaftszentrum Weihenstephan, Diss., 2013, 138 S.
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microRNAs represent an important class of small non-coding RNAs that post-transcriptionally regulate gene expression. A perfect match of 6-8 nucleotides between the seed region located at the 5' end of the miroRNA and the mRNA is required for target regulation. Within this thesis the different types of seed matches occurring in 3’UTR and coding region have been determined and characterized using experimentally verified miroRNA-mRNA interactions. Based on a selection of miroRNA target prediction methods, it was investigated how these findings are already implemented in existing approaches.
microRNAs sind kurze, nicht kodierende RNAs, die Genexpression posttranskriptional regulieren. Perfekte Komplementarität zwischen einer 6-8 Nukleotide langen Sequenz, die sich in der Seed-Region am 5‘-Ende der microRNA befindet und der Ziel-mRNA ist Voraussetzung für die Regulation. Unter Verwendung experimentell verifizierter microRNA-mRNA Interaktionen wurden die verschiedenen Typen der in 3’UTR und kodierender Region vorkommenden Seed-Bindesequenzen bestimmt und charakterisiert. An Target-Vorhersagealgorithmen wurde überprüft inwieweit diese Erkenntnisse bereits umgesetzt sind.
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Publication type Other: Thesis
Thesis type Doctoral thesis
Keywords microRNA; seed; target prediction
University Technische Universität
University place München
Faculty Fakultät Wissenschaftszentrum Weihenstephan
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