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Analysis of biomolecular networks using a generic network analysis suite.

Analyse von biomolekularen Netzwerken mit Hilfe einer generischen Netzwerkanalyseapplikation.

München, Technische Universität, Fakultät Wissenschaftszentrums Weihenstephan, Diss., 2008, 116 S.
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The role of biomolecular networks in scientific research has shifted from being solely information resources for possible cellular partners (whether these embody proteins, (ribo-)nucleic acids or small molecules) towards becoming models for the functional connectivity within a cell. These models are increasingly exploited to make predictions about the cell’s functional organization as well as about the functionality of individual participants in the network. A large number of concepts and methods have been proposed in order to understand these systems and to make use of the rich source of information they represent. I will present a system for the Comprehensive Analysis of Biomolecular Networks (CABiNet), capable of integrating most available network analysis methods. Integration is done by classifying each method into one of four separate categories with standardized interfaces, encapsulating the functionality of the method in a distinct component with standardized in- and output. These components can be accessed individually or called in a concatenated fashion using a processing pipeline for semi-automatic analyses. Additionally, the system can be used to query both biomolecular networks as well as the results of network analysis methods, such as clustering algorithms, in order to provide a service for researchers who are focused towards the functional context of one particular cellular entity. CABiNet is designed in an easy-to-use and easy-to-extend software framework that allows a straightforward integration of novel components. I will demonstrate the capabilities of the system by introducing three studies where CABiNet’s processing pipeline is employed for very diverse use cases.
Zelluläre Netzwerke haben in der wissenschaftlichen Forschung einen hohen Stellenwert als Modelle für zelluläre Systeme eingenommen. Das Verständnis und die Analyse der Netzwerke ermöglichen Einblicke in die funktionelle Organisation des Systems und einzelner Strukturen und Komponenten. Hierfür wurden verschiedenste Konzepte und Methoden entwickelt. Ich stelle CABiNet, ein System zur umfassenden Analyse von biologischen Netzwerken vor, in welches die meisten verfügbaren Netzwerkanalysemethoden eingebunden werden können. CABiNet ist als einfach zu benutzendes und erweiterbares Software Framework konzipiert, in das leicht neue Komponenten integriert werden können. Die Methoden können einzeln oder zusammenhängend in einer Verarbeitungspipeline für semi-automatische Analysen aufgerufen werden und die Ergebnisse der einzelnen Analyseschritte bis auf Netzwerkknotenebene abgefragt werden. Drei verschiedenartige Studien belegen die vielfältigen Einsatzmöglichkeiten des Systems.
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Publikationstyp Sonstiges: Hochschulschrift
Typ der Hochschulschrift Dissertationsschrift
Quellenangaben Band: , Heft: , Seiten: 116 S. Artikelnummer: , Supplement: ,
Hochschule Technische Universität
Hochschulort München
Fakultät Fakultät Wissenschaftszentrums Weihenstephan