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Computational methods for the prediction of bacterial pathogen-host protein protein interactions.

Computergestützte Methoden zur Vorhersage von Protein-Protein-Interaktionen zwischen bakteriellem Krankheitserreger und Wirtszelle.

München, Technische Universität, Fakultät Wissenschaftszentrum Weihenstephan, Diss., 2016, 202 S.
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For an understanding of bacterial virulence it is necessary to identify the molecular key players in microbe-host interactions. In this work, a taxonomically universal approach to predict secreted bacterial effector proteins is presented. To make predicted effectomes accessible, we devised a comprehensive web resource. On the host sided part, the potential of domain based methods to predict pathogen-host protein interactomes was explored. Furthermore, it was analyzed to which extent the repertoire of effector candidates in the genome of a bacterial organism enables prediction of a host-interacting phenotype.
Für ein tieferes Verständnis von bakterieller Virulenz ist es notwendig, die molekularen Hauptakteure in der Interaktion zwischen Bakterium und Wirtszelle zu identifizieren. In dieser Arbeit wird ein taxonomisch universeller Ansatz zur Vorhersage von bakteriellen Effektorproteinen vorgestellt. Um die vorhergesagten Effektome zugänglich zu machen entwickelten wir eine umfangreiche Web-Ressource. Auf Seiten der Wirtszelle wurde das Potenzial von Domänen-basierten Methoden zur Vorhersage von Pathogen-Host Proteininteraktionen untersucht. Weiterhin wurde analysiert, inwiefern das Repertoire von Effektor-Kandidaten im Genom eines Bakteriums die Vorhersage eines Host-interagierenden Phänotyps ermöglicht.
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Publication type Other: Thesis
Thesis type Doctoral thesis
University Technische Universität
University place München
Faculty Fakultät Wissenschaftszentrum Weihenstephan
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