Brenchley, R.* ; Spannagl, M. ; Pfeifer, M. ; Barker, G.L.A.* ; D'Amore, R.* ; Allen, A.M.* ; McKenzie, N.* ; Kramer, M.* ; Kerhornou, A.* ; Bolser, D.* ; Kay, S.* ; Waite, D.* ; Trick, M.* ; Bancroft, I.* ; Gu, Y.* ; Huo, N.* ; Luo, M.C.* ; Sehgal, S.* ; Gill, B.* ; Kianian, S.* ; Anderson, O.* ; Kersey, P.* ; Dvorak, J.* ; McCombie, W.R.* ; Hall, A.* ; Mayer, K.F.X. ; Edwards, K.J.* ; Bevan, M.W.* ; Hall, N.*
Analysis of the breadwheat genome using whole-genome shotgun sequencing.
Nature 491, 705-710 (2012)
Czarnecki, O.* ; Gläßer, C. ; Chen, J.G.* ; Mayer, K.F.X. ; Grimm, B.*
Evidence for a contribution of ALA synthesis to plastid-to-nucleus signaling.
Front. Plant Sci. 3:236 (2012)
Feuillet, C.* ; Stein, N.* ; Rossini, L.* ; Praud, S.* ; Mayer, K.F.X. ; Schulman, A.* ; Eversole, K.* ; Appels, R.*
Integrating cereal genomics to support innovation in the Triticeae.
Funct. Integr. Genomics 12, 573-583 (2012)
Hernandez, P.* ; Martis, M.M. ; Dorado, G.* ; Pfeifer, M. ; Gálvez, S.* ; Schaaf, S. ; Jouve, N.* ; Simková, H.* ; Valárik, M.* ; Dolezel, J.* ; Mayer, K.F.X.
Next generation sequencing and syntenic integration of flow-sorted arms of wheat chromosome 4A exposes the chromosome structure and gene content.
Plant J. 69, 377-386 (2012)
Leroy, P.* ; Guilhot, N.* ; Sakai, H.* ; Bernard, A.* ; Choulet, F.* ; Theil, S.* ; Reboux, S.* ; Amano, N.* ; Flutre, T.* ; Pelegrin, C.* ; Ohyanagi, H.* ; Seidel, M. ; Giacomoni, F.* ; Reichstadt, M.* ; Alaux, M.* ; Gicquello, E.* ; Legeai, F.* ; Cerutti, L.* ; Numa, H.* ; Tanaka, T.* ; Mayer, K.F.X. ; Itoh, T.* ; Quesneville, H.* ; Feuillet, C.*
TriAnnot: A versatile and high performance pipeline for the automated annotation of plant genomes.
Front. Plant Sci. 3:5 (2012)
Martis, M.M. ; Klemme, S.* ; Banaei-Moghaddam, A.M.* ; Blattner, F.R.* ; Macasc, J.* ; Schmutzer, T.* ; Scholz, U.* ; Gundlach, H. ; Wicker, T.* ; Simková, H.* ; Novak, P.* ; Neumann, P.* ; Kubaláková, M.* ; Bauer, E.* ; Haseneyer, G.* ; Fuchs, J.* ; Dolezel, J.* ; Stein, N.* ; Mayer, K.F.X. ; Houben, A.*
Selfish supernumerary chromosome reveals its origin as a mosaic of host genome and organellar sequences.
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 109, 13343-13346 (2012)
Mayer, K.F.X. ; Waugh, R.* ; Langridge, P.* ; Close, T.J.* ; Wise, R.P.* ; Graner, A.* ; Matsumoto, T.* ; Sato, K.* ; Schulman, A.* ; Muehlbauer, G.J.* ; Stein, N.* ; Ariyadasa, R.* ; Schulte, D.* ; Poursarebani, N.* ; Zhou, R.N.* ; Steuernagel, B.* ; Mascher, M.* ; Scholz, U.* ; Shi, B.J.* ; Madishetty, K.* ; Svensson, J.T.* ; Bhat, P.* ; Moscou, M.* ; Resnik, J.* ; Hedley, P.* ; Liu, H.* ; Morris, J.* ; Frenkel, Z.* ; Korol, A.* ; Bergès, H.* ; Taudien, S.* ; Groth, M.* ; Felder, M.* ; Platzer, M.* ; Brown, J.W.S.* ; Fincher, G.B.* ; Sampath, D.* ; Swarbreck, D.* ; Scalabrin, S.* ; Zuccolo, A.* ; Vendramin, V.* ; Morgante, M.*
A physical, genetic and functional sequence assembly of the barley genome.
Nature 491, 711-716 (2012)
International Arabidopsis Informatics Consortium (Mayer, K.F.X.)
Taking the next step: Building an Arabidopsis information portal.
Plant Cell 24, 2248-2256 (2012)
Paterson, A.H.* ; Wendel, J.F.* ; Gundlach, H. ; Guo, H.* ; Jenkins, J.* ; Jin, D.C.* ; Llewellyn, D.* ; Showmaker, K.C.* ; Shu, S.Q.* ; Udall, J.* ; Yoo, M.J.* ; Byers, R.* ; Chen, W.* ; Doron-Faigenboim, A.* ; Duke, M.V.* ; Gong, L.* ; Grimwood, J.* ; Grover, C.* ; Grupp, K.* ; Hu, G.J.* ; Lee, T.H.* ; Li, J.P.* ; Lin, L.F.* ; Liu, T.* ; Marler, B.S.* ; Page, J.T.* ; Roberts, A.W.* ; Romanel, E.* ; Sanders, W.S.* ; Szadkowski, E.* ; Tan, X.* ; Tang, H.B.* ; Xu, C.M.* ; Wang, J.P.* ; Wang, Z.N.* ; Zhang, D.* ; Zhang, L.* ; Ashrafi, H.* ; Bedon, F.* ; Bowers, J.E.* ; Brubaker, C.L.* ; Chee, P.W.* ; Das, S.* ; Gingle, A.R.* ; Haigler, C.H.* ; Harker, D.* ; Hoffmann, L.V.* ; Hovav, R.* ; Jones, D.C.* ; Lemke, C.* ; Mansoor, S.* ; Rahman, M.U.* ; Rainville, L.N.* ; Rambani, A.* ; Reddy, U.K.* ; Rong, J.K.* ; Saranga, Y.* ; Scheffler, B.E.* ; Scheffler, J.A.* ; Stelly, D.M.* ; Triplett, B.A.* ; van Deynze, A.* ; Vaslin, M.F.S.* ; Waghmare, V.N.* ; Walford, S.A.* ; Wright, R.J.* ; Zaki, E.A.* ; Zhang, T.Z.* ; Dennis, E.S.* ; Mayer, K.F.X. ; Peterson, D.G.* ; Rokhsar, D.S.* ; Wang, X.Y.* ; Schmutz, J.*
Repeated polyploidization of Gossypium genomes and the evolution of spinnable cotton fibres.
Nature 492, 423-437 (2012)
Sato, S.* ; Tabata, S.* ; Hirakawa, H.* ; Asamizu, E.* ; Shirasawa, K.* ; Isobe, S.* ; Kaneko, T.* ; Nakamura, Y.* ; Shibata, D.* ; Aoki, K.* ; Egholm, M.* ; Knight, J.* ; Bogden, R.* ; Li, C.B.* ; Shuang, Y.* ; Xu, X.* ; Pan, S.K.* ; Cheng, S.F.* ; Liu, X.* ; Ren, Y.Y.* ; Wang, J.* ; Albiero, A.* ; Dal Pero, F.* ; Todesco, S.* ; van Eck, J.* ; Buels, R.M.* ; Bombarely, A.* ; Gosselin, J.R.* ; Huang, M.Y.* ; Leto, J.A.* ; Menda, N.* ; Strickler, S.* ; Mao, L.Y.* ; Gao, S.* ; Tecle, I.Y.* ; York, T.* ; Zheng, Y.* ; Vrebalov, J.T.* ; Lee, J.* ; Zhong, S.L.* ; Mueller, L.A.* ; Stiekema, W.J.* ; Ribeca, P.* ; Alioto, T.* ; Yang, W.C.* ; Huang, S.W.* ; Du, Y.C.* ; Zhang, Z.H.* ; Gao, J.C.* ; Guo, Y.M.* ; Wang, X.X.* ; Li, Y.* ; He, J.* ; Li, C.Y.* ; Cheng, Z.K.* ; Zuo, J.R.* ; Ren, J.F.* ; Zhao, J.H.* ; Yan, L.H.* ; Jiang, H.L.* ; Wang, B.* ; Li, H.S.* ; Li, Z.J.* ; Fu, F.Y.* ; Chen, B.T.* ; Han, B.* ; Feng, Q.* ; Fan, D.L.* ; Wang, Y.* ; Ling, H.Q.* ; Xue, Y.B.A.* ; Ware, D.* ; McCombie, W.R.* ; Lippman, Z.B.* ; Chia, J.M.* ; Jiang, K.* ; Pasternak, S.* ; Gelley, L.* ; Kramer, M.* ; Anderson, L.K.* ; Chang, S.B.* ; Royer, S.M.* ; Shearer, L.A.* ; Stack, S.M.* ; Rose, J.K.C.* ; Xu, Y.M.* ; Eannetta, N.* ; Matas, A.J.* ; McQuinn, R.* ; Tanksley, S.D.* ; Camara, F.* ; Guigo, R.* ; Rombauts, S.* ; Fawcett, J.* ; van de Peer, Y.* ; Zamir, D.* ; Liang, C.B.* ; Spannagl, M. ; Gundlach, H. ; Bruggmann, R. ; Mayer, K.F.X. ; Jia, Z.Q.* ; Zhang, J.H.* ; Ye, Z.B.A.* ; Bishop, G.J.* ; Butcher, S.* ; Lopez-Cobollo, R.* ; Buchan, D.* ; Filippis, I.* ; Abbott, J.* ; Dixit, R.* ; Singh, M.* ; Singh, A.* ; Pal, J.K.* ; Pandit, A.* ; Singh, P.K.* ; Mahato, A.K.* ; Dogra, V.* ; Gaikwad, K.* ; Sharma, T.R.* ; Mohapatra, T.* ; Singh, N.K.* ; Causse, M.* ; Rothan, C.* ; Schiex, T.* ; Noirot, C.* ; Bellec, A.* ; Klopp, C.* ; Delalande, C.* ; Bergès, H.* ; Mariette, J.* ; Frasse, P.* ; Vautrin, S.* ; Zouine, M.* ; Latche, A.* ; Rousseau, C.* ; Regad, F.* ; Pech, J.C.* ; Philippot, M.* ; Bouzayen, M.* ; Pericard, P.* ; Osorio, S.* ; del Carmen, A.F.* ; Monforte, A.* ; Granell, A.* ; Fernandez-Munoz, R.* ; Conte, M.* ; Lichtenstein, G.* ; Carrari, F.* ; de Bellis, G.* ; Fuligni, F.* ; Peano, C.* ; Grandillo, S.* ; Termolino, P.* ; Pietrella, M.* ; Fantini, E.* ; Falcone, G.* ; Fiore, A.* ; Giuliano, G.* ; Lopez, L.* ; Facella, P.* ; Perrotta, G.* ; Daddiego, L.* ; Bryan, G.* ; Orozco, M.* ; Pastor, X.* ; Torrents, D.* ; van Schriek, K.N.V.M.G.M.* ; Feron, R.M.C.* ; van Oeveren, J.* ; de Heer, P.* ; daPonte, L.* ; Jacobs-Oomen, S.* ; Cariaso, M.* ; Prins, M.* ; van Eijk, M.J.T.* ; Janssen, A.* ; van Haaren, M.J.J.* ; Jo, S.H.* ; Kim, J.* ; Kwon, S.Y.* ; Kim, S.* ; Koo, D.H.* ; Lee, S.* ; Hur, C.G.* ; Clouser, C.* ; Rico, A.* ; Hallab, A.* ; Gebhardt, C.* ; Klee, K.* ; Jöcker, A.* ; Warfsmann, J.* ; Gobel, U.* ; Kawamura, S.* ; Yano, K.* ; Sherman, J.D.* ; Fukuoka, H.* ; Negoro, S.* ; Bhutty, S.* ; Chowdhury, P.* ; Chattopadhyay, D.* ; Datema, E.* ; Smit, S.* ; Schijlen, E.W.M.* ; van de Belt, J.* ; van Haarst, J.C.* ; Peters, S.A.* ; van Staveren, M.J.* ; Henkens, M.H.C.* ; Mooyman, P.J.W.* ; Hesselink, T.* ; van Ham, R.C.H.J.* ; Jiang, G.Y.* ; Droege, M.* ; Choi, D.* ; Kang, B.C.* ; Kim, B.D.* ; Park, M.* ; Yeom, S.I.* ; Lee, Y.H.* ; Choi, Y.D.* ; Li, G.C.* ; Gao, J.W.* ; Liu, Y.S.* ; Huang, S.X.* ; Fernandez-Pedrosa, V.* ; Collado, C.* ; Zuniga, S.* ; Wang, G.P.* ; Cade, R.* ; Dietrich, R.A.* ; Rogers, J.* ; Knapp, S.* ; Fei, Z.J.* ; White, R.A.* ; Thannhauser, T.W.* ; Giovannoni, J.J.* ; Botella, M.A.* ; Gilbert, L.* ; González, R.* ; Goicoechea, J.L.* ; Yu, Y.* ; Kudrna, D.* ; Collura, K.* ; Wissotski, M.* ; Wing, R.* ; Schoof, H.* ; Meyers, B.C.* ; Gurazada, A.B.* ; Green, P.J.* ; Mathur, S.* ; Vyas, S.* ; Solanke, A.U.* ; Kumar, R.* ; Gupta, V.* ; Sharma, A.K.* ; Khurana, P.* ; Khurana, J.P.* ; Tyagi, A.K.* ; Dalmay, T.* ; Mohorianu, I.* ; Walts, B.* ; Chamala, S.* ; Barbazuk, W.B.* ; Li, J.P.* ; Guo, H.* ; Lee, T.H.* ; Wang, Y.P.* ; Zhang, D.* ; Paterson, A.H.* ; Wang, X.Y.* ; Tang, H.B.* ; Barone, A.* ; Chiusano, M.L.* ; Ercolano, M.R.* ; D'Agostino, N.* ; di Filippo, M.* ; Traini, A.* ; Sanseverino, W.* ; Frusciante, L.* ; Seymour, G.B.* ; Elharam, M.* ; Fu, Y.* ; Hua, A.* ; Kenton, S.* ; Lewis, J.* ; Lin, S.P.* ; Najar, F.* ; Lai, H.S.* ; Qin, B.F.* ; Qu, C.M.* ; Shi, R.H.* ; White, D.* ; White, J.* ; Xing, Y.B.* ; Yang, K.Q.* ; Yi, J.* ; Yao, Z.Y.* ; Zhou, L.P.* ; Roe, B.A.* ; Vezzi, A.* ; D'Angelo, M.* ; Zimbello, R.* ; Schiavon, R.* ; Caniato, E.* ; Rigobello, C.* ; Campagna, D.* ; Vitulo, N.* ; Valle, G.* ; Nelson, D.R.* ; de Paoli, E.* ; Szinay, D.* ; de Jong, H.H.* ; Bai, Y.L.* ; Visser, R.G.F.* ; Lankhorst, R.M.K.* ; Beasley, H.* ; McLaren, K.* ; Nicholson, C.* ; Riddle, C.* ; Gianese, G.* ; Tomato Genome Consortium
The tomato genome sequence provides insights into fleshy fruit evolution.
Nature 485, 635-641 (2012)