Krumsiek, J.
Computational modeling of metabolite dependencies: From metabolomics data to biochemical networks.
München, Technische Universität, Fakultät Wissenschaftszentrum Weihenstephan, Diss., 2012, 193 S.
Cichocki, A.* ; Theis, F.J. ; Yeredor, A.* ; Zibulevsky, M.*
Preface.
Lecture Notes Comp. Sci. 7191, V-VII (2012)
Nolte, G.* ; Lutter, D. ; Ziehe, A.* ; Nesta, F.* ; Vincent, W.* ; Koldosky, Z.* ; Benichoux, A.* ; Araki, S.*
The 2011 Signal Separation Evaluation Campaign (SiSEC2011): - Biomedical data analysis - Biomedical D.
Lecture Notes Comp. Sci. 7191, 423-429 (2012)
Schmidl, D.
Bayesian model inference in dynamic biological systems using Markov Chain Monte Carlo methods.
München, Technische Universität, Fakultät für Mathematik, Diss., 2012, 220 S.
Neumann, S.
Structure-function relationships in membrane protein families.
München, Technische Universität, Fakultät Wissenschaftszentrum Weihenstephan, Diss., 2012, 178 S.
Wang, X.
Detection and evolutionary analysis of functional conserved non-coding sequences in higher plants by integrating evolutionary and functional conservation.
München, Technische Universität, Fakultät Wissenschaftszentrum Weihenstephan, Diss., 2012, 125 S.
Gutch, H.W.* ; Gruber, P.* ; Yeredor, A.* ; Theis, F.J.
ICA over finite fields - separability and algorithms.
Signal Process. 92, 1796-1808 (2012)
Hasenauer, J. ; Schittler, D.* ; Allgöwer, F.*
Analysis and simulation of division- and label-structured population models. A new tool to analyze proliferation assays.
Bull. Math. Biol. 74, 2692-2732 (2012)
Kowarsch, A.
The impact of microRNAs on signaling pathways: From general perspectives to a computational model of the JAK-STAT pathway.
München, Technische Universität München, Fakultät Wissenschaftszentrum Weihenstephan, Diss., 2012, 218 S.
Netzer, M.* ; Kugler, K.G.* ; Müller, L.A.* ; Weinberger, K.M.* ; Graber, A.* ; Baumgartner, C.* ; Dehmer, M.*
A network-based feature selection approach to identify metabolic signatures in disease.
J. Theor. Biol. 310, 216-222 (2012)
Lis, R.* ; Touboul, C.* ; Raynaud, C.M.* ; Malek, J.A.* ; Suhre, K.* ; Mirshahi, M.* ; Rafii, A.*
Mesenchymal cell interaction with ovarian cancer cells triggers pro-metastatic properties.
PLoS ONE 7:e38340 (2012)
Kreutz, C.* ; Raue, A. ; Timmer, J.*
Likelihood based observability analysis and confidence intervals for predictions of dynamic models.
BMC Syst. Biol. 6:120 (2012)
Mayer, K.F.X. ; Waugh, R.* ; Langridge, P.* ; Close, T.J.* ; Wise, R.P.* ; Graner, A.* ; Matsumoto, T.* ; Sato, K.* ; Schulman, A.* ; Muehlbauer, G.J.* ; Stein, N.* ; Ariyadasa, R.* ; Schulte, D.* ; Poursarebani, N.* ; Zhou, R.N.* ; Steuernagel, B.* ; Mascher, M.* ; Scholz, U.* ; Shi, B.J.* ; Madishetty, K.* ; Svensson, J.T.* ; Bhat, P.* ; Moscou, M.* ; Resnik, J.* ; Hedley, P.* ; Liu, H.* ; Morris, J.* ; Frenkel, Z.* ; Korol, A.* ; Bergès, H.* ; Taudien, S.* ; Groth, M.* ; Felder, M.* ; Platzer, M.* ; Brown, J.W.S.* ; Fincher, G.B.* ; Sampath, D.* ; Swarbreck, D.* ; Scalabrin, S.* ; Zuccolo, A.* ; Vendramin, V.* ; Morgante, M.*
A physical, genetic and functional sequence assembly of the barley genome.
Nature 491, 711-716 (2012)
Gaupels, F. ; Sarioglu, H. ; Beckmann, M.* ; Hause, B.* ; Spannagl, M. ; Draper, J.* ; Lindermayr, C. ; Durner, J.
Deciphering systemic wound responses of the pumpkin extrafascicular phloem by metabolomics and stable isotope-coded protein labeling.
Plant Physiol. 160, 2285-2299 (2012)
Feuillet, C.* ; Stein, N.* ; Rossini, L.* ; Praud, S.* ; Mayer, K.F.X. ; Schulman, A.* ; Eversole, K.* ; Appels, R.*
Integrating cereal genomics to support innovation in the Triticeae.
Funct. Integr. Genomics 12, 573-583 (2012)
Qanbari, S.* ; Strom, T.M. ; Haberer, G. ; Weigend, S.* ; Gheyas, A.A.* ; Turner, F.* ; Burt, D.W.* ; Preisinger, R.* ; Gianola, D.* ; Simianer, H.*
A high resolution genome-wide scan for significant selective sweeps: An application to pooled sequence data in laying chickens.
PLoS ONE 7:e49525 (2012)
Paterson, A.H.* ; Wendel, J.F.* ; Gundlach, H. ; Guo, H.* ; Jenkins, J.* ; Jin, D.C.* ; Llewellyn, D.* ; Showmaker, K.C.* ; Shu, S.Q.* ; Udall, J.* ; Yoo, M.J.* ; Byers, R.* ; Chen, W.* ; Doron-Faigenboim, A.* ; Duke, M.V.* ; Gong, L.* ; Grimwood, J.* ; Grover, C.* ; Grupp, K.* ; Hu, G.J.* ; Lee, T.H.* ; Li, J.P.* ; Lin, L.F.* ; Liu, T.* ; Marler, B.S.* ; Page, J.T.* ; Roberts, A.W.* ; Romanel, E.* ; Sanders, W.S.* ; Szadkowski, E.* ; Tan, X.* ; Tang, H.B.* ; Xu, C.M.* ; Wang, J.P.* ; Wang, Z.N.* ; Zhang, D.* ; Zhang, L.* ; Ashrafi, H.* ; Bedon, F.* ; Bowers, J.E.* ; Brubaker, C.L.* ; Chee, P.W.* ; Das, S.* ; Gingle, A.R.* ; Haigler, C.H.* ; Harker, D.* ; Hoffmann, L.V.* ; Hovav, R.* ; Jones, D.C.* ; Lemke, C.* ; Mansoor, S.* ; Rahman, M.U.* ; Rainville, L.N.* ; Rambani, A.* ; Reddy, U.K.* ; Rong, J.K.* ; Saranga, Y.* ; Scheffler, B.E.* ; Scheffler, J.A.* ; Stelly, D.M.* ; Triplett, B.A.* ; van Deynze, A.* ; Vaslin, M.F.S.* ; Waghmare, V.N.* ; Walford, S.A.* ; Wright, R.J.* ; Zaki, E.A.* ; Zhang, T.Z.* ; Dennis, E.S.* ; Mayer, K.F.X. ; Peterson, D.G.* ; Rokhsar, D.S.* ; Wang, X.Y.* ; Schmutz, J.*
Repeated polyploidization of Gossypium genomes and the evolution of spinnable cotton fibres.
Nature 492, 423-437 (2012)
International Arabidopsis Informatics Consortium (Mayer, K.F.X.)
Taking the next step: Building an Arabidopsis information portal.
Plant Cell 24, 2248-2256 (2012)
Piednoël, M.* ; Aberer, A.J.* ; Schneeweiss, G.M.* ; Macas, J.* ; Novak, P.* ; Gundlach, H. ; Temsch, E.M.* ; Renner, S.S.*
Next-generation sequencing reveals the impact of repetitive DNA across phylogenetically closely related genomes of orobanchaceae.
Mol. Biol. Evol. 29, 3601-3611 (2012)
Ruepp, A. ; Kowarsch, A. ; Theis, F.J.
PhenomiR: MicroRNAs in human diseases and biological processes.
Methods Mol. Biol. 822, 249-260 (2012)
Payne, S.H.* ; Bonissone, S.* ; Wu, S.* ; Brown, R.N.* ; Ivankov, D.N.* ; Frishman, D. ; Pasa-Tolic, L.* ; Smith, R.D.* ; Pevzner, P.A.*
Unexpected diversity of signal peptides in prokaryotes.
mBio 3:e00339-12 (2012)
Hartsperger, M.L.
A systems biological perspective on complex human diseases: Uncovering hidden relations via multi-scale network analyses.
München, Technische Universität, Fakultät Wissenschaftszentrum Weihenstephan, Diss., 2012, 244 S.
Brenchley, R.* ; Spannagl, M. ; Pfeifer, M. ; Barker, G.L.A.* ; D'Amore, R.* ; Allen, A.M.* ; McKenzie, N.* ; Kramer, M.* ; Kerhornou, A.* ; Bolser, D.* ; Kay, S.* ; Waite, D.* ; Trick, M.* ; Bancroft, I.* ; Gu, Y.* ; Huo, N.* ; Luo, M.C.* ; Sehgal, S.* ; Gill, B.* ; Kianian, S.* ; Anderson, O.* ; Kersey, P.* ; Dvorak, J.* ; McCombie, W.R.* ; Hall, A.* ; Mayer, K.F.X. ; Edwards, K.J.* ; Bevan, M.W.* ; Hall, N.*
Analysis of the breadwheat genome using whole-genome shotgun sequencing.
Nature 491, 705-710 (2012)
Findeisen, P.* ; Funke, H.* ; Hoffmann, G.* ; Kiehntopf, M.* ; Pfeufer, A. ; Neumaier, M.*
Molekulargenetische und zytogenische Diagnostik. Bericht zur 11. Jahrestagung der Sektion Molekulare Diagnostik der DGKL.  
Korean J. Lab. Med. 36, 193-243 (2012)
Czarnecki, O.* ; Gläßer, C. ; Chen, J.G.* ; Mayer, K.F.X. ; Grimm, B.*
Evidence for a contribution of ALA synthesis to plastid-to-nucleus signaling.
Front. Plant Sci. 3:236 (2012)
Milosevic, J.* ; Pandit, K.* ; Magister, M.* ; Rabinovich, E.* ; Ellwanger, D.C. ; Yu, G.* ; Vuga, L.J.* ; Weksler, B.* ; Benos, P.V.* ; Gibson, K.F.* ; McMillan, M.* ; Kahn, M.* ; Kaminski, N.*
Profibrotic role of miR-154 in pulmonary fibrosis.
Am. J. Respir. Cell Mol. Biol. 47, 879-887 (2012)
Nordhausen, K.* ; Gutch, H.W.* ; Oja, H.* ; Theis, F.J.
Joint diagonalization of several scatter matrices for ICA.
In: Theis, F.J. ; Cichocki, A.* ; Yeredor, A* ; Zibulevsky, M.* [Eds.]: Proceedings (10th international conference on Latent Variable Analysis and Signal Separation). Heidelberg: Springer, 2012. 172-179 (Lecture Notes in Computer Science ; 7191)
Sonnenschein, N.* ; Marr, C. ; Hütt, M.-T.*
A topological characterization of medium-dependent essential metabolic reactions.
Metabolites 2, 632-647 (2012)
Chursov, A.* ; Kopetzky, S.J.* ; Leshchiner, I.* ; Kondofersky, I. ; Theis, F.J. ; Frishman, D. ; Shneider, A.*
Specific temperature-induced perturbations of secondary mRNA structures are associated with the cold-adapted temperature-sensitive phenotype of influenza A virus.
RNA Biol. 9, 1266-1274 (2012)
Wahl, S. ; Yu, Z. ; Kleber, M.* ; Singmann, P. ; Holzapfel, C. ; He, Y. ; Mittelstraß, K. ; Polonikov, A.* ; Prehn, C. ; Römisch-Margl, W. ; Adamski, J. ; Suhre, K. ; Grallert, H. ; Illig, T. ; Wang-Sattler, R. ; Reinehr, T.*
Childhood obesity is associated with changes in the serum metabolite profile.
Obes. Facts 5, 660-670 (2012)
Gutch, H.W.* ; Theis, F.J.
To infinity and beyond: On ICA over Hilbert Spaces.
In: Theis, F.J. ; Cichocki, A.* ; Yeredor, A* ; Zibulevsky, M.* [Eds.]: Proceedings (10th International Conference, LVA/ICA 2012, 12-15 March 2012, Tel Aviv, Israel). Heidelberg: Springer, 2012. 180-187 (Lecture Notes Comp. Sci. ; 7191)
Plant, C.C.* ; Mai Thai, S.* ; Shao, J.* ; Theis, F.J. ; Meyer-Bäse, A.* ; Böhm, C.*
Measuring non-Gaussianity by phi-transformed and fuzzy histograms.
Adv. Artif. Neural Syst. 2012:962105 (2012)
Krumsiek, J. ; Stückler, F. ; Kastenmüller, G. ; Theis, F.J.
Systems biology meets metabolism.
In: Suhre, K.* [Eds.]: Genetics Meets Metabolomics: from Experiment to Systems Biology. New York: Springer, 2012. 281-313
Winkler, C. ; Krumsiek, J. ; Lempainen, J. ; Achenbach, P. ; Grallert, H. ; Giannopoulou, E.Z. ; Bunk, M. ; Theis, F.J. ; Bonifacio, E.* ; Ziegler, A.-G.
A strategy for combining minor genetic susceptibility genes to improve prediction of disease in type 1 diabetes.
Genes Immun. 13, 549-555 (2012)
Arnold, M. ; Hartsperger, M.L. ; Baurecht, H.* ; Rodriguez, E.* ; Wachinger, B. ; Franke, A.* ; Kabesch, M.* ; Winkelmann, J. ; Pfeufer, A. ; Romanos, M.* ; Illig, T. ; Mewes, H.-W. ; Stuempflen, V. ; Weidinger, S.*
Network-based SNP meta-analysis identifies joint and disjoint genetic features across common human diseases.
BMC Genomics 13:490 (2012)
Suhre, K. ; Gieger, C.
Genetic variation in metabolic phenotypes: Study designs and applications.
Nat. Rev. Genet. 13, 759-769 (2012)
Krumsiek, J. ; Suhre, K. ; Evans, A.M.* ; Mitchell, M.W.* ; Mohney, R.P.* ; Milburn, M.V.* ; Wägele, B. ; Römisch-Margl, W. ; Illig, T. ; Adamski, J. ; Gieger, C. ; Theis, F.J. ; Kastenmüller, G.
Mining the unknown: A systems approach to metabolite identification combining genetic and metabolic information.
PLoS Genet. 8:e1003005 (2012)
Illner, K. ; Fuchs, C. ; Theis, F.J.
Blind source separation using latent gaussian graphical models.
In: Larjo, A.* ; Schober, S.* ; Farhan, M.* ; Bossert, M.* ; Yli-Harja, O.* [Eds.]: Proceedings (Ninth International Workshop on Computational Systems Biology, WCSB 2012, June 4-6, 2012, Ulm, Germany). Tampere, Finnland: Tampere International Center for Signal Processing, 2012. 43-46 (Proc. WCSB ; 61)
Hug, S. ; Theis, F.J.
Bayesian inference of latent causes in gene regulatory dynamics.
In: Theis, F.J. ; Cichocki, A.* ; Yeredor, A* ; Zibulevsky, M.* [Eds.]: Proceedings (10th international conference on Latent Variable Analysis and Signal Separation). Heidelberg: Springer, 2012. 520-527 (Lecture Notes Comp. Sci. ; 7191)
Theis, F.J.
Bayesian fuzzy clustering of colored graphs.
In: Theis, F.J. ; Cichocki, A.* ; Yeredor, A* ; Zibulevsky, M.* [Eds.]: Proceedings (10th international conference on Latent Variable Analysis and Signal Separation). Heidelberg: Springer, 2012. 528-535 (Lecture Notes Comp. Sci. ; 7191)
Marr, C. ; Strasser, M. ; Schwarzfischer, M. ; Schroeder, T. ; Theis, F.J.
Multi-scale modeling of GMP differentiation based on single-cell genealogies.
FEBS J. 279, 3488-3500 (2012)
Gutch, H.W.* ; Theis, F.J.
Uniqueness of linear factorizations into independent subspaces.
J. Multivar. Anal. 112, 48-62 (2012)
Lechner, M. ; Höhn, V. ; Brauner, B. ; Dunger, I. ; Fobo, G. ; Frishman, G. ; Montrone, C. ; Kastenmüller, G. ; Wägele, B. ; Ruepp, A.
CIDeR: Multifactorial interaction networks in human diseases.
Genome Biol. 13:R62 (2012)
Leroy, P.* ; Guilhot, N.* ; Sakai, H.* ; Bernard, A.* ; Choulet, F.* ; Theil, S.* ; Reboux, S.* ; Amano, N.* ; Flutre, T.* ; Pelegrin, C.* ; Ohyanagi, H.* ; Seidel, M. ; Giacomoni, F.* ; Reichstadt, M.* ; Alaux, M.* ; Gicquello, E.* ; Legeai, F.* ; Cerutti, L.* ; Numa, H.* ; Tanaka, T.* ; Mayer, K.F.X. ; Itoh, T.* ; Quesneville, H.* ; Feuillet, C.*
TriAnnot: A versatile and high performance pipeline for the automated annotation of plant genomes.
Front. Plant Sci. 3:5 (2012)
Schmidl, D. ; Hug, S. ; Li, W.B. ; Greiter, M. ; Theis, F.J.
Bayesian model selection validates a biokinetic model for zirconium processing in humans.
BMC Syst. Biol. 6:95 (2012)
Petersen, A.-K. ; Krumsiek, J. ; Wägele, B. ; Theis, F.J. ; Wichmann, H.-E. ; Gieger, C. ; Suhre, K.
On the hypothesis-free testing of metabolite ratios in genome-wide and metabolome-wide association studies.
BMC Bioinformatics 13:120 (2012)
Studer, B.* ; Byrne, S.* ; Nielsen, R.O.* ; Panitz, F.* ; Bendixen, C.* ; Islam, M.S.* ; Pfeifer, M. ; Lübberstedt, T.* ; Asp, T.*
A transcriptome map of perennial ryegrass (Lolium perenne L.).
BMC Genomics 13:140 (2012)
Buettner, F. ; Theis, F.J.
A novel approach for resolving differences in single-cell gene expression patterns from zygote to blastocyst.
Bioinformatics 28, i626-i632 (2012)
Föcker, M.* ; Timmesfeld, N.* ; Scherag, S.* ; Knoll, N.* ; Singmann, P. ; Wang-Sattler, R. ; Bühren, K.* ; Schwarte, R.* ; Egberts, K.* ; Fleischhaker, C.* ; Adamski, J. ; Illig, T. ; Suhre, K. ; Albayrak, Ö.* ; Hinney, A.* ; Herpertz-Dahlmann, B.* ; Hebebrand, J.*
Comparison of metabolic profiles of acutely ill and short-term weight recovered patients with anorexia nervosa reveals alterations of 33 out of 163 metabolites.
J. Psychiatr. Res. 46, 1600-1609 (2012)
Wang-Sattler, R. ; Yu, Z. ; Herder, C.* ; Messias, A.C. ; Floegel, A.* ; He, Y.* ; Heim, K. ; Campillos, M.J. ; Holzapfel, C. ; Thorand, B. ; Grallert, H. ; Xu, T. ; Bader, E. ; Huth, C. ; Mittelstraß, K. ; Döring, A. ; Meisinger, C. ; Gieger, C. ; Prehn, C. ; Römisch-Margl, W. ; Carstensen, M.* ; Xie, L.* ; Yamanaka-Okumura, H.* ; Xing, G.* ; Ceglarek, U.* ; Thiery, J.* ; Giani, G.* ; Lickert, H. ; Lin, X.* ; Li, Y.* ; Boeing, H.* ; Joost, H.-G.* ; Hrabě de Angelis, M. ; Rathmann, W.* ; Suhre, K. ; Prokisch, H. ; Peters, A. ; Meitinger, T. ; Roden, M.* ; Wichmann, H.-E. ; Pischon, T.* ; Adamski, J. ; Illig, T.
Novel biomarkers for pre-diabetes identified by metabolomics.
Mol. Syst. Biol. 8:615 (2012)
Yu, Z. ; Zhai, G.* ; Singmann, P. ; He, Y.* ; Xu, T. ; Prehn, C. ; Römisch-Margl, W. ; Lattka, E. ; Gieger, C. ; Soranzo, N.* ; Heinrich, J. ; Standl, M. ; Thiering, E. ; Mittelstraß, K. ; Wichmann, H.-E. ; Peters, A. ; Suhre, K. ; Li, Y.* ; Adamski, J. ; Spector, T.D.* ; Illig, T. ; Wang-Sattler, R.
Human serum metabolic profiles are age dependent.
Aging Cell 11, 960-967 (2012)
Makhnevych, T.* ; Wong, P. ; Pogoutse, O.* ; Vizeacoumar, F.J.* ; Greenblatt, J.F.* ; Emili, A.* ; Houry, W.A.*
Hsp110 is required for spindle length control.
J. Cell Biol. 198, 623-636 (2012)
Sterz, K.* ; Scherer, G.* ; Krumsiek, J. ; Theis, F.J. ; Ecker, J.*
Identification and quantification of 1-hydroxybutene-2-yl mercapturic acid in human urine by UPLC- HILIC-MS/MS as a novel biomarker for 1,3-butadiene exposure.
Chem. Res. Toxicol. 25, 1565-1567 (2012)
Goek, O.N.* ; Döring, A. ; Gieger, C. ; Heier, M. ; Koenig, W.* ; Prehn, C. ; Römisch-Margl, W. ; Wang-Sattler, R. ; Illig, T. ; Suhre, K. ; Sekula, P.* ; Zhai, G.J.* ; Adamski, J. ; Köttgen, A.* ; Meisinger, C.
Serum metabolite concentrations and decreased GFR in the general population.
Am. J. Kidney Dis. 60, 197-206 (2012)
Peng, C. ; Li, N.* ; Ng, Y.K. ; Zhang, J. ; Meier, F. ; Theis, F.J. ; Merkenschlager, M.* ; Chen, W.* ; Wurst, W. ; Prakash, N.
A unilateral negative feedback loop between miR-200 microRNAs and Sox2/E2F3 controls neural progenitor cell-cycle exit and differentiation.
J. Neurosci. 32, 13292-13308 (2012)
Martis, M.M. ; Klemme, S.* ; Banaei-Moghaddam, A.M.* ; Blattner, F.R.* ; Macasc, J.* ; Schmutzer, T.* ; Scholz, U.* ; Gundlach, H. ; Wicker, T.* ; Simková, H.* ; Novak, P.* ; Neumann, P.* ; Kubaláková, M.* ; Bauer, E.* ; Haseneyer, G.* ; Fuchs, J.* ; Dolezel, J.* ; Stein, N.* ; Mayer, K.F.X. ; Houben, A.*
Selfish supernumerary chromosome reveals its origin as a mosaic of host genome and organellar sequences.
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 109, 13343-13346 (2012)
Wägele, B. ; Witting, M. ; Schmitt-Kopplin, P. ; Suhre, K.
MassTRIX reloaded: Combined analysis and visualization of transcriptome and metabolome data.
PLoS ONE 7:e39860 (2012)
Renner, S.* ; Römisch-Margl, W. ; Prehn, C. ; Krebs, S.* ; Adamski, J. ; Göke, B.* ; Blum, H.* ; Suhre, K. ; Roscher, A.A.* ; Wolf, E.*
Changing metabolic signatures of amino acids and lipids during the prediabetic period in a pig model with impaired incretin function and reduced β-cell mass.
Diabetes 61, 2166-2175 (2012)
Krumsiek, J. ; Suhre, K. ; Illig, T. ; Adamski, J. ; Theis, F.J.
Bayesian independent component analysis recovers pathway signatures from blood metabolomics data.
J. Proteome Res. 11, 4120-4131 (2012)
Mewes, H.-W. ; Wachinger, B. ; Stuempflen, V.
Mit semantischem Text Mining von biologischen Netzwerken zum Börsenkurs.
BioSpektrum 18, 333-335 (2012)
Laurie, J.D.* ; Ali, S.* ; Linning, R.* ; Mannhaupt, G. ; Wong, P. ; Güldener, U. ; Münsterkötter, M. ; Moore, R.* ; Kahmann, R.* ; Bakkeren, G.* ; Schirawski, J.*
Genome comparison of barley and maize smut fungi reveals targeted loss of RNA silencing components and species-specific presence of transposable elements.
Plant Cell 24, 1733-1745 (2012)
Jourdan, C. ; Petersen, A.-K. ; Gieger, C. ; Döring, A. ; Illig, T. ; Wang-Sattler, R. ; Meisinger, C. ; Peters, A. ; Adamski, J. ; Prehn, C. ; Suhre, K. ; Altmaier, E. ; Kastenmüller, G. ; Römisch-Margl, W. ; Theis, F.J. ; Krumsiek, J. ; Wichmann, H.-E. ; Linseisen, J.
Body fat free mass is associated with the serum metabolite profile in a population-based study.
PLoS ONE 7:e40009 (2012)
Arnold, B.* ; Hauser, W.* ; Arnold, M. ; Bernateck, M.* ; Bernardy, K.* ; Bruckle, W.* ; Friedel, E.* ; Hesselschwerdt, H.J.* ; Jackel, W.* ; Köllner, V.* ; Kühn, E.* ; Petzke, F.* ; Settan, M.* ; Weigl, M.* ; Winter, E.* ; Offenbacher, M.*
Multimodale Therapie des Fibromyalgiesyndroms. Systematische Übersicht, Metaanalyse und Leitlinie.
Schmerz 26, 287-290 (2012)
Fröhlich, A. ; Gaupels, F. ; Sarioglu, H. ; Holzmeister, C. ; Spannagl, M. ; Durner, J. ; Lindermayr, C.
Looking deep inside: Detection of low-abundance proteins in leaf extracts of arabidopsis and phloem exudates of pumpkin.
Plant Physiol. 159, 902-914 (2012)
Konrad, M.* ; Vyleta, M.L.* ; Theis, F.J. ; Stock, M.* ; Tragust, S.* ; Klatt, M.* ; Drescher, V.* ; Marr, C. ; Ugelvig, L.V.* ; Cremer, S.*
Social transfer of pathogenic fungus promotes active immunisation in ant colonies.
PLoS Biol. 10:e1001300 (2012)
Sato, S.* ; Tabata, S.* ; Hirakawa, H.* ; Asamizu, E.* ; Shirasawa, K.* ; Isobe, S.* ; Kaneko, T.* ; Nakamura, Y.* ; Shibata, D.* ; Aoki, K.* ; Egholm, M.* ; Knight, J.* ; Bogden, R.* ; Li, C.B.* ; Shuang, Y.* ; Xu, X.* ; Pan, S.K.* ; Cheng, S.F.* ; Liu, X.* ; Ren, Y.Y.* ; Wang, J.* ; Albiero, A.* ; Dal Pero, F.* ; Todesco, S.* ; van Eck, J.* ; Buels, R.M.* ; Bombarely, A.* ; Gosselin, J.R.* ; Huang, M.Y.* ; Leto, J.A.* ; Menda, N.* ; Strickler, S.* ; Mao, L.Y.* ; Gao, S.* ; Tecle, I.Y.* ; York, T.* ; Zheng, Y.* ; Vrebalov, J.T.* ; Lee, J.* ; Zhong, S.L.* ; Mueller, L.A.* ; Stiekema, W.J.* ; Ribeca, P.* ; Alioto, T.* ; Yang, W.C.* ; Huang, S.W.* ; Du, Y.C.* ; Zhang, Z.H.* ; Gao, J.C.* ; Guo, Y.M.* ; Wang, X.X.* ; Li, Y.* ; He, J.* ; Li, C.Y.* ; Cheng, Z.K.* ; Zuo, J.R.* ; Ren, J.F.* ; Zhao, J.H.* ; Yan, L.H.* ; Jiang, H.L.* ; Wang, B.* ; Li, H.S.* ; Li, Z.J.* ; Fu, F.Y.* ; Chen, B.T.* ; Han, B.* ; Feng, Q.* ; Fan, D.L.* ; Wang, Y.* ; Ling, H.Q.* ; Xue, Y.B.A.* ; Ware, D.* ; McCombie, W.R.* ; Lippman, Z.B.* ; Chia, J.M.* ; Jiang, K.* ; Pasternak, S.* ; Gelley, L.* ; Kramer, M.* ; Anderson, L.K.* ; Chang, S.B.* ; Royer, S.M.* ; Shearer, L.A.* ; Stack, S.M.* ; Rose, J.K.C.* ; Xu, Y.M.* ; Eannetta, N.* ; Matas, A.J.* ; McQuinn, R.* ; Tanksley, S.D.* ; Camara, F.* ; Guigo, R.* ; Rombauts, S.* ; Fawcett, J.* ; van de Peer, Y.* ; Zamir, D.* ; Liang, C.B.* ; Spannagl, M. ; Gundlach, H. ; Bruggmann, R. ; Mayer, K.F.X. ; Jia, Z.Q.* ; Zhang, J.H.* ; Ye, Z.B.A.* ; Bishop, G.J.* ; Butcher, S.* ; Lopez-Cobollo, R.* ; Buchan, D.* ; Filippis, I.* ; Abbott, J.* ; Dixit, R.* ; Singh, M.* ; Singh, A.* ; Pal, J.K.* ; Pandit, A.* ; Singh, P.K.* ; Mahato, A.K.* ; Dogra, V.* ; Gaikwad, K.* ; Sharma, T.R.* ; Mohapatra, T.* ; Singh, N.K.* ; Causse, M.* ; Rothan, C.* ; Schiex, T.* ; Noirot, C.* ; Bellec, A.* ; Klopp, C.* ; Delalande, C.* ; Bergès, H.* ; Mariette, J.* ; Frasse, P.* ; Vautrin, S.* ; Zouine, M.* ; Latche, A.* ; Rousseau, C.* ; Regad, F.* ; Pech, J.C.* ; Philippot, M.* ; Bouzayen, M.* ; Pericard, P.* ; Osorio, S.* ; del Carmen, A.F.* ; Monforte, A.* ; Granell, A.* ; Fernandez-Munoz, R.* ; Conte, M.* ; Lichtenstein, G.* ; Carrari, F.* ; de Bellis, G.* ; Fuligni, F.* ; Peano, C.* ; Grandillo, S.* ; Termolino, P.* ; Pietrella, M.* ; Fantini, E.* ; Falcone, G.* ; Fiore, A.* ; Giuliano, G.* ; Lopez, L.* ; Facella, P.* ; Perrotta, G.* ; Daddiego, L.* ; Bryan, G.* ; Orozco, M.* ; Pastor, X.* ; Torrents, D.* ; van Schriek, K.N.V.M.G.M.* ; Feron, R.M.C.* ; van Oeveren, J.* ; de Heer, P.* ; daPonte, L.* ; Jacobs-Oomen, S.* ; Cariaso, M.* ; Prins, M.* ; van Eijk, M.J.T.* ; Janssen, A.* ; van Haaren, M.J.J.* ; Jo, S.H.* ; Kim, J.* ; Kwon, S.Y.* ; Kim, S.* ; Koo, D.H.* ; Lee, S.* ; Hur, C.G.* ; Clouser, C.* ; Rico, A.* ; Hallab, A.* ; Gebhardt, C.* ; Klee, K.* ; Jöcker, A.* ; Warfsmann, J.* ; Gobel, U.* ; Kawamura, S.* ; Yano, K.* ; Sherman, J.D.* ; Fukuoka, H.* ; Negoro, S.* ; Bhutty, S.* ; Chowdhury, P.* ; Chattopadhyay, D.* ; Datema, E.* ; Smit, S.* ; Schijlen, E.W.M.* ; van de Belt, J.* ; van Haarst, J.C.* ; Peters, S.A.* ; van Staveren, M.J.* ; Henkens, M.H.C.* ; Mooyman, P.J.W.* ; Hesselink, T.* ; van Ham, R.C.H.J.* ; Jiang, G.Y.* ; Droege, M.* ; Choi, D.* ; Kang, B.C.* ; Kim, B.D.* ; Park, M.* ; Yeom, S.I.* ; Lee, Y.H.* ; Choi, Y.D.* ; Li, G.C.* ; Gao, J.W.* ; Liu, Y.S.* ; Huang, S.X.* ; Fernandez-Pedrosa, V.* ; Collado, C.* ; Zuniga, S.* ; Wang, G.P.* ; Cade, R.* ; Dietrich, R.A.* ; Rogers, J.* ; Knapp, S.* ; Fei, Z.J.* ; White, R.A.* ; Thannhauser, T.W.* ; Giovannoni, J.J.* ; Botella, M.A.* ; Gilbert, L.* ; González, R.* ; Goicoechea, J.L.* ; Yu, Y.* ; Kudrna, D.* ; Collura, K.* ; Wissotski, M.* ; Wing, R.* ; Schoof, H.* ; Meyers, B.C.* ; Gurazada, A.B.* ; Green, P.J.* ; Mathur, S.* ; Vyas, S.* ; Solanke, A.U.* ; Kumar, R.* ; Gupta, V.* ; Sharma, A.K.* ; Khurana, P.* ; Khurana, J.P.* ; Tyagi, A.K.* ; Dalmay, T.* ; Mohorianu, I.* ; Walts, B.* ; Chamala, S.* ; Barbazuk, W.B.* ; Li, J.P.* ; Guo, H.* ; Lee, T.H.* ; Wang, Y.P.* ; Zhang, D.* ; Paterson, A.H.* ; Wang, X.Y.* ; Tang, H.B.* ; Barone, A.* ; Chiusano, M.L.* ; Ercolano, M.R.* ; D'Agostino, N.* ; di Filippo, M.* ; Traini, A.* ; Sanseverino, W.* ; Frusciante, L.* ; Seymour, G.B.* ; Elharam, M.* ; Fu, Y.* ; Hua, A.* ; Kenton, S.* ; Lewis, J.* ; Lin, S.P.* ; Najar, F.* ; Lai, H.S.* ; Qin, B.F.* ; Qu, C.M.* ; Shi, R.H.* ; White, D.* ; White, J.* ; Xing, Y.B.* ; Yang, K.Q.* ; Yi, J.* ; Yao, Z.Y.* ; Zhou, L.P.* ; Roe, B.A.* ; Vezzi, A.* ; D'Angelo, M.* ; Zimbello, R.* ; Schiavon, R.* ; Caniato, E.* ; Rigobello, C.* ; Campagna, D.* ; Vitulo, N.* ; Valle, G.* ; Nelson, D.R.* ; de Paoli, E.* ; Szinay, D.* ; de Jong, H.H.* ; Bai, Y.L.* ; Visser, R.G.F.* ; Lankhorst, R.M.K.* ; Beasley, H.* ; McLaren, K.* ; Nicholson, C.* ; Riddle, C.* ; Gianese, G.* ; Tomato Genome Consortium
The tomato genome sequence provides insights into fleshy fruit evolution.
Nature 485, 635-641 (2012)
Strasser, M. ; Theis, F.J. ; Marr, C.
Stability and multiattractor dynamics of a toggle switch based on a two-stage model of stochastic gene expression.
Biophys. J. 102, 19-29 (2012)
Tretter, F.* ; Pogarell, O.* ; Rujescu, D.* ; Meisenzahl, E.* ; Mewes, H.-W.
Editorial.
Pharmacopsychiatry 45, S1 (2012)
Ried, J.S. ; Döring, A. ; Oexle, K.* ; Meisinger, C. ; Winkelmann, J. ; Klopp, N. ; Meitinger, T. ; Peters, A. ; Suhre, K. ; Wichmann, H.-E. ; Gieger, C.
PSEA: Phenotype Set Enrichment Analysis - a new method for analysis of multiple phenotypes.
Genet. Epidemiol. 36, 244-252 (2012)
Marr, C. ; Hütt, M.-T.*
Cellular automata on graphs: Topological properties of ER graphs evolved towards low-entropy dynamics.
Entropy 14, 993-1010 (2012)
Arnold, M. ; Ellwanger, D.C. ; Hartsperger, M.L. ; Pfeufer, A. ; Stuempflen, V.
Cis-acting polymorphisms affect complex traits through modifications of microRNA regulation pathways.
PLoS ONE 7:e36694 (2012)
Smialowski, P. ; Doose, G.* ; Torkler, P.* ; Kaufmann, S.* ; Frishman, D.
PROSO II - a new method for protein solubility prediction.
FEBS J. 279, 2192-2200 (2012)
Orchard, S.* ; Kerrien, S.* ; Abbani, S.* ; Aranda, B.* ; Bhate, J.* ; Bidwell, S.* ; Bridge, A.* ; Briganti, L.* ; Brinkman, F.* ; Cesareni, G.* ; Chatr-aryamontri, A.* ; Chautard, E.* ; Chen, C.* ; Dumousseau, M.* ; Goll, J.* ; Hancock, R.* ; Hannick, L.I.* ; Jurisica, I.* ; Khadake, J.* ; Lynn, D.J.* ; Mahadevan, U.* ; Perfetto, L.* ; Raghunath, A.* ; Ricard-Blum, S.* ; Roechert, B.* ; Salwinski, L.* ; Stuempflen, V. ; Tyers, M.* ; Uetz, P.* ; Xenarios, I.* ; Hermjakob, H.*
Protein interaction data curation: The International Molecular Exchange (IMEx) consortium.
Nat. Methods 9, 345-350 (2012)
Petersen, A.-K. ; Stark, K.* ; Musameh, M.D.* ; Nelson, C.P.* ; Römisch-Margl, W. ; Kremer, W.* ; Raffler, J. ; Krug, S.* ; Skurk, T.* ; Rist, M.J.* ; Daniel, H.* ; Hauner, H.* ; Adamski, J. ; Tomaszewski, M.* ; Döring, A. ; Peters, A. ; Wichmann, H.-E. ; Kaess, B.M.* ; Kalbitzer, H.R.* ; Huber, F.* ; Pfahlert, V.* ; Samani, N.J.* ; Kronenberg, F.* ; Dieplinger, H.* ; Illig, T. ; Hengstenberg, C.* ; Suhre, K. ; Gieger, C. ; Kastenmüller, G.
Genetic associations with lipoprotein subfractions provide information on their biological nature.
Hum. Mol. Genet. 21, 1433-1443 (2012)
Chursov, A.* ; Walter, M.C. ; Schmidt, T. ; Mironov, A.* ; Shneider, A.* ; Frishman, D.
Sequence-structure relationships in yeast mRNAs.
Nucleic Acids Res. 40, 956-962 (2012)
Krug, S.* ; Kastenmüller, G. ; Stückler, F. ; Rist, M.J.* ; Skurk, T.* ; Sailer, M.* ; Raffler, J. ; Römisch-Margl, W. ; Adamski, J. ; Prehn, C. ; Frank, T.* ; Engel, K.-H.* ; Hofmann, T.* ; Luy, B.* ; Zimmermann, R. ; Moritz, F. ; Schmitt-Kopplin, P. ; Krumsiek, J. ; Kremer, W.* ; Huber, F.* ; Oeh, U. ; Theis, F.J. ; Szymczak, W. ; Hauner, H.* ; Suhre, K. ; Daniel, H.*
The dynamic range of the human metabolome revealed by challenges.
FASEB J. 26, 2607-2619 (2012)
Li, D. ; Rothballer, M. ; Engel, M. ; Hoser, J.D.S. ; Schmidt, T. ; Kuttler, C.* ; Schmid, M. ; Schloter, M. ; Hartmann, A.
Phenotypic variation in Acidovorax radicis N35 influences plant growth promotion.
FEMS Microbiol. Ecol. 79, 751-762 (2012)
Meyer-Bäse, A.* ; Cappendijk, S.* ; Theis, F.J.
Uncertain gene regulatory networks simplified by gramian-based approach.
In: Arabnia, H.R.* ; Tran, Q.-N.* [Eds.]: Proceedings (2011 International Conference on Bioinformatics & Computational Biology (BIOCOMP '11), 18-21 July 2011, Las Vegas, USA). Athens, GA, USA: CSREA Press, 2012. 751-759
Lutter, D. ; Bruns, P. ; Theis, F.J.
An ensemble approach for inferring semi-quantitative regulatory dynamics for the differentiation of mouse embryonic stem cells using prior knowledge.
In: Goryanin, I.I.* ; Goryachev, A.B.* [Eds.]: Advances in Systems Biology. New York: Springer, 2012. 247-260 (Adv. Exp. Med. Biol. ; 736)
Grady, D.* ; Brune, R.* ; Thiemann, C.* ; Theis, F.J. ; Brockmann, D.*
Modularity maximization and tree clustering: Novel ways to determine effective geographic borders.
In: Thai, M.T.* ; Pardalos, P.M.* [Eds.]: Handbook of Optimization in Complex Networks. Theory and Applications. New York, NJ: Springer, 2012. 169-208 (Optimization and Its Applications ; 57)
Römisch-Margl, W. ; Prehn, C. ; Bogumil, R.* ; Röhring, C.* ; Suhre, K. ; Adamski, J.
Procedure for tissue sample preparation and metabolite extraction for high-throughput targeted metabolomics.
Metabolomics 8, 133-142 (2012)
Burtscher, I. ; Barkey, W. ; Schwarzfischer, M. ; Theis, F.J. ; Lickert, H.
The Sox17-mCherry fusion mouse line allows visualization of endoderm and vascular endothelial development.
Genesis 50, 496-505 (2012)
Hernandez, P.* ; Martis, M.M. ; Dorado, G.* ; Pfeifer, M. ; Gálvez, S.* ; Schaaf, S. ; Jouve, N.* ; Simková, H.* ; Valárik, M.* ; Dolezel, J.* ; Mayer, K.F.X.
Next generation sequencing and syntenic integration of flow-sorted arms of wheat chromosome 4A exposes the chromosome structure and gene content.
Plant J. 69, 377-386 (2012)